Бейне: BAM индекс файлы дегеніміз не?
2024 Автор: Lynn Donovan | [email protected]. Соңғы өзгертілген: 2023-12-15 23:49
А BAM файлы (. бам ) - SAM екілік нұсқасы файл . SAM файл (. sam) - қойындымен бөлінген мәтін файл ол ретті туралау деректерін қамтиды. Индекстеу : IGV SAM және екеуін де талап етеді BAM файлдары орны бойынша сұрыпталады және индекстелген , және бұл индекстік файлдар белгілі бір атау конвенциясын ұстаныңыз.
Сол сияқты, адамдар BAM файлын қалай ашуға болады деп сұрайды.
бастап Файл мәзірді таңдаңыз Ашық және таңдаңыз BAM файлдары сол жағынан. Оң жақтағы «Қосу» түймесін басыңыз BAM файлы . тармағына өтіңіз БАМ Сынақ Файлдар жүктеп алған қалтаны графигі бар_индекспен таңдаңыз. басыңыз Ашық , картаны таңдаңыз.
Екіншіден, BAM файлын Fastq файлына қалай түрлендіруге болады? Төменде BAM файлын FASTQ пішіміне түрлендіру қадамдары берілген. Бұл Linux жүйесінде жұмыс істейді және SAMTOOLS және BEDTOOLS қажет болады
- SAMTOOLS жүктеп алыңыз.
- tar xzvf samtools-version.tar.bz2 пәрменін пайдаланып шығарып алыңыз.
- Ол samtools-версия атауымен қалтаны жасайды.
- CD samtools-версия каталогына өтіңіз.
Сол сияқты, BAM файлын SAM файлына қалай түрлендіруге болады?
Кімге SAM түрлендіру дейін БАМ , біз samtools көру пәрменін қолданамыз. Біз енгізуіміз енгізілгенін көрсетуіміз керек SAM пішімі (әдепкі бойынша ол күтеді БАМ ) -S опциясын пайдалану. Біз сондай-ақ шығуды қалайтынымызды айтуымыз керек БАМ (әдепкі бойынша ол шығарады БАМ ) -b опциясымен.
Samtools көрінісі не істейді?
Samtools BAM пішіміндегі туралауларды басқаратын утилиталар жиынтығы болып табылады. Ол SAM (Sequence Alignment/Map) пішімінен импорттайды және оған экспорттайды, жасайды сұрыптау, біріктіру және индекстеу және кез келген аймақтардағы оқылған мәліметтерді жылдам алуға мүмкіндік береді. Samtools ағынмен жұмыс істеуге арналған.
Ұсынылған:
Java тіліндегі шектеуден тыс индекс дегеніміз не?
Индекс шектеуден тыс ерекше жағдай. Индекс Шектен тыс ерекше жағдай орындалу уақыты қателерінде орын алатын тексерілмеген ерекше жағдай болып табылады. Бұл кодтағы әдіске жіберілген жарамсыз параметрге байланысты туындайды. Java компиляторы бағдарламаны құрастыру кезінде қатені тексермейді
Мысалмен SQL серверіндегі кластерленген индекс дегеніміз не?
Кластерленген индекс. Кластерленген индекс деректердің кестеде физикалық түрде сақталу ретін анықтайды. Кесте деректерін тек жолмен сұрыптауға болады, сондықтан әр кестеде бір ғана кластерленген индекс болуы мүмкін. SQL Server бағдарламасында негізгі кілт шектеуі сол нақты бағанда кластерленген индексті автоматты түрде жасайды
Терадатадағы екінші индекс дегеніміз не?
Қосымша индекс (SI) деректерге қол жеткізудің балама жолын ұсынады. Кестені құру кезінде ғана анықталатын Негізгі индекстен айырмашылығы, қосымша индексті кестені жасағаннан кейін де жасауға/тастыруға болады
Индекс функциясының кестесі дегеніміз не?
INDEX() функциясы мәнге қатысты сұрыптаусыз бөлімдегі ағымдағы жолдың индексін қайтарады. INDEX() Date бөлімінде есептелетін болса, әрбір жолдың индексі 1, 2, 3, 4… және т
SQL-де индекс және құру индексі дегеніміз не?
SQL CREATE INDEX мәлімдемесі. CREATE INDEX операторы кестелерде индекстер құру үшін қолданылады. Индекстер дерекқордан деректерді басқаға қарағанда тезірек алу үшін пайдаланылады. Ескерту: Индекстері бар кестені жаңарту кестені жаңартусыз жаңартуға қарағанда көбірек уақытты алады (себебі индекстер де жаңартуды қажет етеді)